(一)办公室
负责机关日常运转,重要事项督查督办,承担机关文秘、会务、机要、档案、信访、政务公开等工作;负责数字交通建设工作;负责机关和所属单位党群、干部人事、劳动工资、机构编制、作风建设工作;负责交通行业的党风廉政建设和精神文明建设工作;负责指导推动全区道路运输领域网约车司机、货车司机群体党建工作;负责机关和所属单位意识形态、干部理论学习等工作;负责交通运输行业舆论处置及相关工作;负责本系统对外宣传和人才队伍建设及干部教育培训工作;负责牵头做好委系统退休人员管理工作。
(二)财务科
组织拟定并监督执行交通运输行业有关资金和财务管理制度;指导全区交通行业财务管理和会计核算工作;负责编制并组织实施部门预决算;负责机关日常财务管理工作;负责所属事业单位的财务监管工作;拟定并组织实施内部审计有关制度;负责牵头做好有关重点交通建设项目、专项资金审计工作;承担机关和所属的单位内部的财务收支、风险控制以及风险管理工作;负责国有资产的管理工作。
(三)规划建管科
加强交通运输行业发展统筹管理;组织拟订交通运输体系规划和专项规划、年度计划,提出有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施;承担相关交通项目建设的前期工作和后期评估工作;承担岸线使用审核有关工作;承担行业统计分析、交通扶贫工作;监督实施公路、枢纽站场等交通基础设施建设的相关政策、制度和标准;承担公路建设市场监管工作;按权限承担公路工程设计审核、施工许可和竣工验收等工作;负责协调高速公路建设相关事宜。
(四)运输物流科(国防交通科)
负责全区公路、水路、城市公交等综合运输市场指导服务;负责对接轨道交通运营管理工作;指导编制和监督实施交通运输发展规划、运力和线网布局规划,指导和监督实施重点物资、大宗物资、紧急客货运输调控和春运工作;组织交通运输行业有关科技推广应用工作;指导道路和水路运输经营资质、从业人员资质管理;指导机动车维修、客货运站场的管理;会同有关部门拟定现代物流业发展战略,负责拟定物流业发展规划和计划,并监督实施;负责辖区物流行业发展的协调服务工作;参与拟订全区国防交通保障计划、保障方案和应急措施;参与拟订和实施国防交通物资储备计划,调动国防交通物资;负责渔业船舶检验监督管理和行业指导等工作;协调中央和市级管理的海事、邮政等管理机构的涉地相关工作。
(五)安全监督科
指导、监督所属行业管理单位做好地方水域水上安全、道路运输安全、公路安全、公路水运工程建设安全的管理工作;负责行业安全事故统计分析,依法组织或参与有关事故调查处理;指导、协调交通行业应急管理、处置和防恐工作;协调长江水域水上安全工作。
(六)法规科(行政审批科)
研究交通行业政策法规,拟定本区交通运输管理规范性文件,并监督执行;承办相关行政应诉工作;承担有关规范性文件合法性审查工作;负责交通系统社会治安综合治理工作;牵头做好全行业平安稳定工作;负责交通行业环境保护和节能减排工作;负责机关行政审批制度改革,指导和规划本系统行政审批工作;相对集中机关有关行政审批事项的受理和审批;组织协调相关事项的论证、审查等工作;组织推进机关行政审批服务便民化、标准化和相关电子政务工作;具体管理政务服务窗口;统筹协调交通运输行业信用体系建设。
(七)铁路民航科
负责参与拟定地方铁路发展政策,编制全区铁路路网和枢纽建设专项规划;协调推进全区铁路项目建设;负责争取铁路建设资金及政策支持,并会同相关部门研究提出全区铁路投融资方案和财政性资金安排意见;协调中央和市级管理的铁路管理机构的涉地相关工作。监督实施民航建设发展的相关政策;协调推进军民航机场项目建设。
(八)公路管理养护科
监督实施公路路政、养护、运营的相关政策、制度和标准;承担公路养护市场监管工作,按规定对公路建设、养护工程造价、质量安全进行监督管理;按照管理权限承担公路水运工程质量监督工作,依法受理质量举报和投诉,参与质量事故的调查处理;按照管理权限承担公路水运工程安全生产现场监督检查工作,受理安全生产举报和投诉,依法组织或参与调查处理安全生产事故;负责承担监督项目的竣(交)工质量检测、鉴定、核定。