第一节 完善土地承包责任制

1989年，全区农村继续推行“大包干”土地承包经营责任制。1995年3月，重庆市行政区划调整后，农村土地承包经营责任制存在两种形式：一种是九龙坡区原来实行的“大包干”式承包经营责任制，另一种是原巴县划入的农村实行“两田制”（即口粮田和责任田）经营责任制。

1998年，根据中央和市有关文件精神，进一步稳定和完善农村土地承包经营责任制，在全区农村开展第二轮土地承包。此次承包将第一轮土地承包期再延长30年不变，“四荒”地（集体经济组织所有的荒山、荒沟、荒丘、荒滩）等开发性农业承包期延长50～70年。为避免承包耕地经营者频繁变动，防止耕地经营规模不断细分，提倡在承包期内实行“增人不增地，减人不减地”承包办法，以稳定土地承包关系。在坚持土地集体所有和不改变耕地用途前提下，经发包方同意，允许土地承包经营权依法有偿流转。取消“两田制”承包形式，统一调整为“大包干”式承包经营责任制。同时，对家庭经营承包与专业承包政策界定、“四荒”地使用权拍卖及租赁、新增人口候轮补缺承包土地等问题作出统一原则性规定。第二轮土地承包经营关系完善后，向承包人颁发统一印制的承包经营权证书。区农林水利部门建立专门的土地承包档案，进一步健全土地管理制度。

第二节 农村税费改革

1989—1997年，全区农村执行“村社集体提留，乡镇统筹”农民负担政策。农民负担坚持取之有度、用之合理原则，实行定项限额、总量控制办法，规定提留、统筹费不得超过上年人均纯收入的5%。农民实际年负担一般为上年人均纯收入的1.6%左右。

1998年，为减轻农民负担，规定提留、统筹费不再增加，并以1997年预算为基数，实行“一定三年不变”的农民负担政策。2000年，全区提留、统筹费总额为651万元，比1997年减少37万元；人均负担33.8元，占上年人均纯收入的2.2%，人均负担比1997年减少3.7元。

2001年3月，启动农村税费改革工作。5月，按照市委、市政府农村税费改革的统一部署，九龙坡区农村税费改革工作暂时停止。

2002年4月，九龙坡区被列为全国农村税费改革试点区县之一，正式启动农村税费改革。区委、区政府制定农村税费改革试点方案。改革重点是“三取消、两调整、一改革”。“三取消”即取消屠宰税，取消镇统筹费、农村“普六”“普九”教育集资以及专门向农民征收的行政事业性收费、政府性基金、集资等不合理收费，取消统一规定的劳动积累工和义务工。“两调整”即调整农业税和农业特产税政策。农业税计税面积以第二轮土地承包面积为根据，第二轮承包后土地被国家建设征用的，据实核减；村镇道路、农田水利设施及小城镇建设等公益事业和自然灾害损毁无法复耕的土地，在完善手续基础上，适当调减计税面积；粮食常年产量根据市对各地区制定的常年产量指导意见和各镇具体情况，确定各镇常年产量指标，各镇再确定到村到户；农业税率执行市规定的7%；计税农产品价格按市物价部门规定的1元/公斤执行；农业特产税方面，农业税计税面积内的，不再征收农业特产税，计税面积外的据实征收。“一改革”就是改革村提留制度，取消所有的村提留费，实行征收农业税附加和农业特产税附加。农业税附加和农业特产税附加比例按市统一规定的正税的20%执行。同年，农村税费改革后，全区农民人均负担为36元，比2001年的人均负担57.88元减少21.88元，减幅37.8%。

2004年，执行农业税减免政策，农业税率由7%减为5%，农民人均税负29元，比2002年减少19.44%。2005年起，农业税全部取消。