1988年1月至1990年12月，区属国营小型商业企业和供销社基层企业普遍推行第一轮承包经营责任制。1991年，实施第二轮承包经营，重点解决企业所有权与经营权适当分离问题。同时在工业企业推行生产经营自主、产品定价自主、劳动用工自主、内部分配自主、技术改造自主的“五自主”改革试点，在商业、粮食、供销企业推行经营放开、价格放开、用工放开、分配放开的“四放开”经营体制。1992年，在国有商业企业进行产权制度改革试点。1993年，城镇集体工业企业、乡镇企业实施产权制度改革。1996年，区属国有工业企业、集体商业企业实施产权制度改革。1999年，不再对商业企业下达经营指标。2000年，供销社专业公司开始实施产权制度改革。2001年，除国家委托的政策性经营任务外，区供销社不再对下级单位下达经营性指标。2002年，集体粮食企业开始实施产权制度改革。全面推进农村税费改革试点。2004年，国有粮食企业开始实施产权制度改革。2005年，区供销社系统集体企业开始实施产权制度改革。至2007年，50家区属国有企业除杨家坪百货公司外，全部完成产权制度改革。

企业产权制度改革以组建股份制、股份合作制企业和兼并重组、解体、转让、破产为主要形式。2003年，全区20家国有商业企业除1家（杨家坪百货公司）未彻底改制外，其余19个企业完成产权制度改革。2005年，区直属17个国有工业企业全部完成产权制度改革。全区5个国有粮食企业和6个国有农业企业全部完成产权制度改革。镇村集体企业全部完成产权制度改革，城市集体企业和企业化管理的事业单位大部分完成产权制度改革。国有企业产权制度改革后，国有资本从一般性竞争行业退出，初步建立现代企业制度。

“九五”计划起，逐步调整产业结构，对第三产业进行政策倾斜和重点扶持，第一、第二产业在经济结构中所占比重逐步下降，第三产业比重逐步增加。1995年，三次产业结构比为7∶53.8∶39.2。2000年为4.3∶51.4∶44.3。2005年为2.5∶49.9∶47.6。2005年与1995年相比，第一产业所占比重下降4.5个百分点，第二产业所占比重下降3.9个百分点，第三产业所占比重上升8.4个百分点。

工业经济进一步优化。2005年，规模以上工业企业新产品产值占规模以上工业企业总产值的25.5%。非公有制经济增加值占地区生产总值的比重从2000年的48.5%上升到62.3%。

第一节 工业管理体制

1989年，区直属工业企业由计划部门实行指令性计划管理。企业在计划安排和执行上，由区计划部门向各主管部门下达主要经济和社会发展计划，各主管部门将计划作为指令性计划分解下达到各企业。指标主要有工业总产值、工业销售收入、主要产品产量等。企业执行计划情况作为考核、奖惩企业依据之一。企业用工、工资等均要事前编制计划，报主管部门批准后按计划执行。企业固定资产投资、生产性项目投资总额在300万元以上，非生产性项目投资100万元以上的报市审批；这个指标以下的报区计划部门审批。兴办城镇集体企业须经区相关主管部门同意。企业进行新产品开发和新产品试销，须逐级上报至市或省审批。

1990年，加强固定资产投资计划管理，企业基本建设、更新改造、零星基建、购买商品房等固定资产投资建设项目，必须纳入计划管理。1991年，工业企业推行“五自主”改革试点后，试点企业可根据生产经营需要，自行确定生产计划、劳动用工、内部分配和技术改造等。1992年起，逐步减小对企业微观管理力度，放权于企业，下放项目审批权。凡符合国家、地方政策，自有资金，自担风险，不向银行贷款，不要财政投入，不需平衡物资的项目，投资在1000万元以下的，只报区计划部门备案即可。

1997年，市将1982年工业调整时上交给市的企业又重新下放给区，区接收第一批下放企业20家。为加强对区直属企业的管理，成立九龙坡区工业管理局，对原巴县划入的11户工业企业和接收的市下放企业实施统一管理。1998年3月，接收第二批下放企业22家。同年，撤销区工业局，设立区经济委员会，将原计经委的经济管理职能和区工业局的工业管理职能划归区经委。1999年，贯彻市政府规范政务管理，改善投资环境的有关规定，将企业重大技术改造、中外合资合作项目立项审查、可行性报告审批和转报职能划归区经委负责。2001年，接收市下放企业1户。至此，区共有直属工业企业54家。同年，将对外贸易经济管理、乡镇企业管理职能划归区经委，不再单独设立区对外贸易经济委员会、外事办公室、乡镇企业局，与区经委实行“四块牌子、一套工作班子”。同时，将区计委原承担的工业产业政策实施、区环保局承担的环境保护产业发展规划、区财政局承担的国有企业财产监督管理、农林水利局承担的地方水力发电行政管理职能划归区经委。同年起，对直属企业下达计划由指令性计划改为指导性计划，原有行政管理体制逐步淡出。

2003年，对外贸易经济管理职能从区经委划出，单独设立区对外贸易经济委员会。2005年，区直属企业17个。

1989—2005年，交通、商办、校办、民政、城建、供销等工业企业仍实行各主管部门具体管理体制，但管理方式由原来微观管理转变为宏观指导、协调服务。企业用工、分配、生产经营等由企业自行做主。

第二节 商贸流通管理体制

1989年，九龙坡区商贸流通由区农业财贸办公室负责商业、供销、粮食、烟草等行业综合协调管理，区商业局、供销合作社、粮食公司、烟草专卖局（烟草公司）具体负责本系统商贸流通管理。同年7月，区粮食公司增挂九龙坡区粮食局牌子，实行“对外两块牌子，内部一套班子”模式，对外以区粮食局名义履行粮食行政管理职能，粮食公司主要负责粮油供应、储存等。1991年12月，撤销区农财办，设立区财贸工作办公室，负责全区商贸流通综合协调管理。1992年8月，撤销区商业局和区财贸工作办公室，设区财贸工作委员会，负责全区商贸流通总体规划、政策制定和综合协调管理。2000年，区供销社不再向所属企业收取行政管理费，所需经费纳入区财政预算。同年8月，区粮食局、粮食公司政企分开，粮食局与粮食公司在机构、人员、职责、资产、财务等方面彻底脱钩，单设区粮食局，作为区政府粮食行政管理部门。2001年9月，区粮食局与区财工委合并，组建区商业委员会，挂区粮食局牌子，以区粮食局名义履行粮食行政管理职能。10月，除国家委托的政策性经营任务外，区供销社不再对所属企业下达经营性指标，主要是对本级社有资产、社员股金、举债资金、剥离资产等进行管理。