《宗教事务条例》修订的着重点在于：《宗教事务条例》修订主要着眼六个方面，具体来说就是“两维护”、“两明确”、“两规范”。两维护，即维护公民宗教信仰自由和宗教界合法权益、维护国家安全和社会和谐。两明确，即明确宗教活动场所法人资格和宗教财产权属、明确遏制宗教商业化倾向。两规范，即规范宗教界财务管理、规范互联网宗教信息服务。

《宗教事务条例》在维护国家安全和社会和谐方面：规定宗教事务管理坚持保护合法、制止非法、遏制极端、抵御渗透、打击犯罪的原则；任何组织或者个人不得利用宗教进行危害国家安全的活动，不得宣扬、支持、资助宗教极端主义，不得利用宗教破坏民族团结、分裂国家和进行恐怖活动；非宗教团体、非宗教院校、非宗教活动场所不得开展宗教教育培训，不得组织公民出境参加宗教方面的培训、会议、活动等；宗教团体、宗教院校、宗教活动场所不得接受境外组织和个人附带条件的捐赠。

《宗教事务条例》在规范互联网宗教信息服务方面：从事互联网宗教信息服务，应当经省级以上人民政府宗教事务部门审核同意后，按照国家互联网信息服务管理有关规定办理；互联网宗教信息服务内容应当符合国家有关法律、法规、规章和宗教事务管理的相关规定；规定了对互联网宗教信息服务违法行为的处罚。